Die erste urkundliche Erwähnung von Kaunas fällt auf das Jahr 1361. In diesem Jahr wurde die Kaunaser Burg von den Ordensrittern besetzt.

Wegen ihrer strategischen zentralen Lage wurde die Stadt im 15. und 16. Jh. zu einem wichtigen Handelszentrum. Die Kaufleute von Kaunas pflegten wirtschaftiliche Beziehungen mit vielen Hansestädten.
Im 17. Jh wurde Kaunas von Russen verwüstet. Die Stadt war sehr ausgeraubt und verbrannt.

Nach der dritten polnischen Teilung (1795) wurde Kaunas an Russland angegliedert. Die mehr als 100 Jahre dauernde Zarenherrschaft hinterliess tiefe Spuren im Erscheinungsbild der Stadt.

Am Anfang des 20. Jh. war Kaunas ein Zentrum der politischen Nationalbewegung. Nach dem 1. Wetkrieg wurde die Stadt zur provisorischen Hauptstadt des Landes erklärt. In den folgenden zwei Jahrzehnten erlebte Kaunas seine Blütezeit. Die Stadt entwickelte sich zu einem kulturellen, intelektuellen und wirtschaftlichen Zentrum. Zu dieser Zeit entstand moderne Bauhausarchitektur, rasch wuchsen die industriellen Vorstädte. Es wurde die Vytautas Magnus Universität gegründet.

Nach dem 2. Weltkrieg unterschied sich Kaunas von den anderen litauischen Städten. Das war die am wenigsten russifizierte Stadt, die ihre traditionell städtische Kultur aufbewahrt hat.

Kaunas zeichnete sich immer durch seinen besonderen litauischen Nationalgeist und sein starkes nationales Selbstbewusstsein aus. Gerade während der sowjetischen Besetzung war hier der intelektuelle Widerstand besonders gross. Kaunas ist für die Litauer ein Symbol für persönliche Freiheit und staatliche Unabhängigkeit.

Heute ist Kaunas eine moderne Universitätsstadt. Insgesammt gibt es neun Hochschulen. Hier befinden sich sieben professionelle Theater, finden zahlreiche nationale und internationale Festivals wie „Kaunas Jazz“ statt. Kaunas hat vierzehn Museen. Zu den bekanntesten gehören die Mykolas Žilinskas Kunstgalerie, das M. K. Čiurlionis Museum und das A. Žmuidzinavičius Museum (noch das Teufelsmuseum genannt).

Zu den sehenswertesten Architekturdenkmälern gehören die gotische Kathedrale, das Berhardiner – und das Jesuitenkloster, die Vytautas – Kirche aus dem 15. Jh., das Perkunas – Haus, die Mauerreste der ehemaligen Burg von Kaunas und natürlich das Rathaus, das der „Weisse Schwan“ genannt wird. Zu erwähnen ist noch die Hauptader der Stadt – die Laisves aleja (Freiheitsallee).

Heute ist Kaunas die zweitgrösste Stadt Litauens. Sie hat eine starke wirtschaftliche Basis, eine moderne Infrastruktur und bietet günstige Investitionsbedingungen.